Die Politiker und Militärs fürchteten danach noch jahrelang eine Rückkehr der Partisanen. Diese Angst vor einer kommunistischen Invasion führte zur Bildung einer Sondereinheit, die 1500 Mann zählte und im Kriegsfall sofort auf 3500 aufgestockt werden sollte und zur Anlage über 800 großer, versteckter Waffenlager. Feldmarschall Papagos hatte bereits während des Bürgerkrieges einen eigenen militärischen Geheimdienst unter dem Namen „Feldmarschall-Informationsabteilung (FMIA)“, zuständig für alle Sonderoperationen, aufgebaut. Für diese blieb die FMIA auch nach der Gründung des „Zentralen Informationsdienstes“ (KYP) 1952 zuständig. Griechenland trat der NATO 1952 bei. Aus den Gebirgsjägerreservisten und Offizieren der griechischen „Special Forces“ wurden die Stay-behind-Truppen rekrutiert. Am 25.3.1955 wurde der Vertrag, wie zwischen dem Chef des griechischen Generalstabes General Konstantin Dovas und dem CIA-General Trascott ausgehandelt, über den griechischen Gladio-Ableger „Sheepskin“ (Schafsfell) oder auch „Haut des roten Bockes“ vom Ministerpräsidenten Papagos unterzeichnet. Der verstorbene Ministerpräsident Andreas Papandreou sagte im November 1990, daß jedes neue NATO-Mitglied ein Geheimabkommen über die Einrichtung von Stay-behind-Truppen unterzeichnen mußte.
Die Abteilung für Sonderoperationen begnügte sich allerdings auch in Griechenland nicht mit dem Warten auf den kommunistischen Angriff. Der KYP-Geheimdienstoffizier Georgios Papadopoulos verübte an der türkischen Grenze Sabotageakte, um auf eine drohende Machtergreifung der Linken aufmerksam zu machen. Als schließlich 1967 das Militär putschte, rissen kurze Zeit später einige Verschwörer aus dem Geheimdienst (KYP) wie eben Papadopoulos die Macht an sich. Der Putsch im Putsch (Aktion Prometheus) basierte auf Plänen, die schon 1950 zusammen mit der NATO für den Fall eines kommunistischen Angriffs ausgearbeitet worden waren.
Bei einem Anschlag 1985 auf den Finanzminister Ioannis Palaeokrassas wurde das Hotel, in dem er eine Rede halten wollte, in die Luft gesprengt. 1989 wurde auf Lesbos das Stadttheater gesprengt, kurz bevor der damalige Oppositionsführer Konstantin Mitsotakis dort eine Rede halten wollte. Damals kam der Bombenleger, ein Offizier der Luftwaffe, ums Leben. Zusammenhänge mit dem Gladio-Ableger werden vermutet.
